梁廷栋给这番话吓怕了，因而和温体仁商讨设法减轻处刑，改成袁崇焕凌迟，七十几岁的母亲、弟弟、老婆，几岁的小女儿放逐三千里。母家、妻家的人就不缠累了。野史上说袁崇焕无子孙，袁氏家谱记录说袁有三个儿子。“肤公雅奏图”绘袁乘船北上，有妇女二人、儿童一人相送，或为其妻妾及子。有说袁妻在袁身后投江他杀，袁钰有吊袁督师诗十六首，此中云：“弱弟问每天已醉，寡妻赴水水无声。”[4]
袁崇焕不是高瞻百世的愚人，不是夺目无能的政治家，乃至以严格的军事观点来看，他也不是韩信、岳飞、徐达那样长于用兵的雄师事家。他行事操切，脾气中有严峻缺点，但是他凭着永不衰竭的朴拙，一往无前的豪情，鼓励了统统的将士，将他的豪杰气势带到了每一个部下身上。他是一团熊熊烈火，把部下身上的血都烧热了，将一群颓废不振的残兵败将，烧炼成了一支死战不平的精锐之师。他的知己程本直称他是“痴心人”，是“泼胆汉”，天下唯一肯担负任务的豪杰。[10]袁崇焕却自称是大明国里的一个逃亡徒。[11]逃亡徒是没有家庭幸运的，日日夜夜不得安然。官居一品，过的倒是逃亡徒生涯，只因这十年当中，他生命之火在不竭的狠恶燃烧。
[8]杨士聪《五堂荟记》卷二：“袁既被执，辽东兵溃数多，皆言：‘以督师之忠，尚不能自免，我辈在此何为？’……封疆之事，自此不成问矣。”《明史・袁崇焕传》：“自崇焕死，边事益无人，明亡征决矣。”
袁崇焕身后，骸骨弃在地下，无人敢去收葬。他有一个姓佘的仆人，广东顺德马江人，半夜里去偷了骸骨，收葬在广渠门内的广东义园。隔一道城墙，广渠门外的一片广场之上、城壕当中，便是九个半月之前袁崇焕带领将士大喊鏖战的处所。他拚了性命击退来犯的十倍敌军，保卫了天子和北都城中百姓的性命。天子和北都城的百姓则将他割成了碎块。
袁崇焕的罪名终究肯定了，是说不清楚的所谓“谋叛”。崇祯始终没有叫杨寺人出来作证。擅杀毛文龙和擅主和议两件事来由太不充分，崇祯不管如何难以自圆其说，终究也不提了。本来定的处刑是“夷三族”，要将袁崇焕百口、母亲的百口、老婆的百口都满门抄斩。余大成去恐吓主理这个案子的兵部尚书梁廷栋：“袁崇焕并非真的有罪，只不过清兵围城，皇上大怒。我在兵部做郎中，已换了六位尚书，亲目睹到没一个尚书有好了局。你做兵部尚书，怎能保得定此后清兵不再来犯？本日诛灭袁崇焕三族，形成了先例，清兵下次再来，梁尚书，你顾一下本身的三族罢。”
[6]清人所修的《明史・袁崇焕传》说：“遂磔崇焕于市……天下冤之。”朝鲜《仁祖实录》八年仲春丁丑载：朝鲜的使者朴兰英到沈阳，满清的王公当着他面相互“私语”，说袁经略公然和我们同心，只可惜事情败露而被拘系。如许的国度奥妙，怎会当着本国使臣的面而相互私语，用心让他听到？朴兰英明白他们的企图，只不过想藉他而传言到明朝去，以便尽快杀了袁崇焕，以是他在给朝鲜国王的奏章中说：“此必行间之言也。”直到一百年以后，朝鲜的君臣们在会商明朝覆亡的启事时，还说首要启事是杀袁崇焕（见朝鲜《英宗实录》六年十一月辛末，即雍正八年，公元一七三○年。）
[2]袁崇焕下狱后，毛文龙的朋友乘秘密求为毛昭雪，要求赐谥抚恤。崇祯不准，说毛之死是“罪有应得”，不准以袁崇焕为藉口而昭雪。见程本直：〈漩声〉。