慈禧要办的就是前任两江总督何桂清。
最后慈禧太后下定决计，务需求杀鸡儆猴，下旨：“刑赏大政，不成为谬悠之议所挠，今欲平贼，而先庇逃帅，何故作复兴将士之气？以才敏负一时之望，膺江表重寄。桂清无料敌之明，又见效死之节。身名俱陨，罪实难辞。何桂清立斩不赦，以慰江南各地军民之心。”
“说的对。”
咸丰十年蒲月，李秀成带领的承平军攻破江南大营，又乘胜进围何桂清坐镇的常州。布政使薛焕、总理粮台查文经等人建议何桂清弃常州城而走，保存气力退驻姑苏筹饷，以图再战。何桂清采取了他们的定见，弃城前去上海。朝廷因何桂清弃城而走，将其撤职，由曾国藩继任两江总督。
“我瞧着这功课也过分通俗了些，天子你先学着，也多熟谙几个字，我这叫国子监，翰林院办一本合适天子这个春秋读书认字的讲义出来，”慈禧安抚天子，“可有件事儿别忘了，身子骨可要练好，这些日子且在宫中练习弓箭，等过了端五，我们去园子里，当时候，可要好好练练马术了。”
从香山忠烈祠返来，下午便是无事，到了第二日召见了军机，商讨了一番各地蠲免税粮的事儿，又把洋务的事儿一样样的细细掰开，一样样的议畴昔，皇太后赐了茶，各自就散开了，到了下午，太后歇了中觉，神清气爽的起驾养心殿，筹办批阅折子，方才将黑龙江将军上的《祈拨银用边防折》上头写了个“交户部、兵部部议。”翻开下一本奏折，才看了几眼，皇太后的眉毛就皱了起来。
母子两人松松快快得聊了会子闲话，“夸奖了人，也该动起火了，天子，”慈禧太后的声音转而严厉，“旧年弃城而逃的人也该措置一番了。”
“是！”小天子的答复又清脆又清脆，显得表情非常的愉悦。
桂清统领十万清军竟弃城叛逃，导致常州、常熟、姑苏皆失守，咸丰下诏撤职拘系送北京审判。刚巧遇英法联军，咸丰帝出亡热河，何案搁置两年。期间王有龄及江苏巡抚薛焕等接踵上疏乞恩，不准。
如何惩办何桂清，清廷最高统治者天子以及恭亲王奕訢，三朝元老、大学士、吏部尚书祁寯藻等重臣，都以“一品大员，用刑宜慎”为由，主张免何桂清一死。特别是主持审理此事的祁寯藻，对峙以为何桂清罪不至死。他乃至针对主张杀何桂清的一派人说：“国人皆曰可杀，臣亦国人，未敢谓其可杀。”但何桂清的政敌、此时因对承平天军作战连连到手而越来越走红的曾国藩，却对峙主张杀何桂清以谢国人。他说：“疆吏以城守为大节，不宜以僚属一言为进止；大臣以心迹科罪行，不必以公禀之有有为衡量。”
同治元年言官纷繁弹劾，恭亲王与租界谈判，正式拘系下狱，拟斩监候。秋审处总办、直隶司郎中余光倬，将其由封疆大吏失守城池应处之“斩监候”加上罪名“击杀执香跪留父老十九人，忍心害理，罪当减轻”而改拟“斩立决”。刑部尚书赵光，因与帮办江南军务的许乃钊有友情，体味桂清沦陷苏常殃民细节，覆奏：“不杀何桂清，何故谢江南百万战难生灵？”慈禧太后降旨命大学士六部九卿翰詹科道集会。大理寺卿李棠阶以为桂清为两江总督，骄横胡涂，治军无方，剥削军饷导致将士叛变、全军淹没，弃城而逃又嫁祸别人，其罪不容诛。集会成果如刑部议，而太后另有旨：“何桂清曾任一品大员，用刑宜慎，如有疑义，无妨各陈所见。”有17人上疏论救，体仁阁大学士、礼部尚书祁寯藻，援引嘉庆帝谕旨：“刑部议狱，不得有减轻字样。”以为刑部所拟分歧制。另有工部尚书万青藜、御史高延祜，而薛焕以重金疏浚，故迟延暮秋仍未决。 礼部给事中卞宝第（浙江道御史任内就曾参劾桂清）抗章驳祁寯藻：“仁宗上谕，只就承平期间平常罪名而言。”又言：“道光年间浙江提督余步云失定海，咸丰年间湖北巡抚青麟失武昌，皆以沦陷封疆伏法，当时祁寯藻当军机大臣，何独于何桂清护惜若此？”