有了充沛的粮饷作为支撑，西北的军事行动非常顺利。面对前后击败过两任“闯王”的琼水兵，不管是张献忠、罗汝才还是老回回，大小流寇权势都是望风而逃，不敢正面决斗。大将军府制定的剿寇战略是“步步为营”，每打下一个处所，就建立屯堡，收拢流民规复耕作，同时用军事化手腕办理流民，构成了近似卫所的屯丁。如许既制止了流民因为食不充饥重新被裹挟反叛，又稳固了本地的防务。即便流寇杀个回马枪，重新流窜返来，在武装起来的屯丁面前也占不到便宜，并且很快会遭到闻讯而来的正规军打击。
因为荷兰东印度公司的屈就、西班牙权势的阑珊，南面海疆没有了强大的敌手，水兵仅在琼州保持了一支常备舰队守住南海流派，其他战舰都调到了渤海湾，共同扩编后的陆战队，以旅顺口、皮岛为据点，以登莱为火线基地，把握了辽南半岛的节制权，保持对满清的压力。面对辽南能够威胁火线腹心之地的“钉子”，以及重新改编后更具进犯性的关宁军，皇太极不敢轻举妄动，接下来的两三年都不敢策动大范围的军事进犯，几次对宁锦防地和辽南的摸干脆打击都被轻而易举化解。以往那种绕太长城，在本地如入无人之境的征象一去不复返。
大将军府的应对体例是从台湾、琼州集结数十万石粮食海运入京，弥补江南没有及时交纳上解粮赋的亏空，并针对性收回了“宁远不征江南一粒米，也要清丈到底”的强音。有了如许的底气，朱大典在夏天南的授意下对江南的特权阶层停止了“史上最严格的打击”。参与抵抗的勋贵们被永历天子下旨或贬为庶人，或被削夺宗禄；触及到的官员一概夺职；豪绅则抄查产业，“锁拿定罪”。
作为最高主帅的夏天南并没有满足如许的战绩，而是持续北上，直接打到了盛都城下。数千门火炮开端了不分日夜的轰击，能力庞大的臼炮更是让满清焦头烂额。
满清统治阶层的冲突在劲敌的步步紧逼下发作了，本来对皇太极的强势本就不满的旗主们开端了内哄，战还是和的挑选让贵族们分红了两派。内忧内乱之下，皇太极身材垮了，沉痾不起，在雄师围城的第十五天死在病榻上。多尔衮临危受命，成了临时的魁首。
疆场挑选的主动权把握在夏天南手中，在过了山海关一起推动并击败了满清的几支偏师以后，皇太极带领八旗精锐，加上蒙古、朝鲜等仆参军总计三十余万人，与北伐雄师停止决斗。决斗的地点很奥妙，恰是大凌河——这个曾让明朝完整走向灭亡的转折性战役的地点地。
为了支撑天下的军事行动，在台湾开辟立下大功的朱大典被调回，任命为两江总督，卖力全部江南地区及江西、河南的军政事件，兼理粮饷和两淮盐政。跟从他返回本地的，另有台湾开荒历练出来的一万多屯丁。朱大典接到的指令，是对江南这个富庶之地停止清丈隐田，一劳永逸地处理明末财务题目，实现赋役均平。
崇祯十年仲春，即位不到一个月的太子朱慈烺主动禅位给弟弟定王，年号仍然是夏天南定下的永历，本身则变成了一个浅显的皇子，并且毕生没有踏出慈庆宫周遭一里的范围。杨嗣昌和吴三桂则以“矫诏”并且私行残害同僚的罪名被处斩，帮忙朱慈烺顶了罪，两万关宁铁骑被收编，与山东的马队归并，构成了一支三万人摆布的精锐马队。
琼水兵成了将军府直属军队，将驻地移到了天津卫，并且持续扩大，达到了八万人，并保持了将近五万人的预备役军队。因为大将军府决定此后的对外战役都交给琼水兵承担，以是几大边镇的军队，除了关宁军是遵循琼水兵的体例改编外，其他边镇都停止了兵员清理，裁撤冗员、减少空饷名额，缩减了军队范围，据实拨付粮饷，必然程度上减轻了中心财务承担。