崇祯六年，青浦知县郑友元没有完成税收任务，毕自严念与其有旧，赐与包庇，不料被言官弹劾，崇祯大怒，将毕自严下狱问罪，幸得朝中老友救援，在牢中呆了半年，做才出狱。
此时的崇祯也是无可何如，每一次后金军入关洗劫，都给大明王朝庞大的打击，而内部流寇四起，哪一处不需花银子？
还是毕自严看不下去，这时候说道：“众位同僚又何必指责汪事中，现在陕西本就有王二等人反叛，这时转税本就不当，此乃大善之言。”
天启六年毕自严升任户部尚书，因魏忠贤以翻修宫殿为名，提出售掉南大仆寺牧马场，遭到毕自严的果断反对，因为一旦卖掉牧马场，将会使军马和伇马供应遭到极大影响，毕自严威名已久，魏忠贤也无可何如，只得找到天启帝告状，天启帝宠任魏忠贤，牧马场还是没有保住，毕自严激愤不已，因而称病回籍。
汪有典一说完，立马便有官员辩驳道：“此言差矣，想我大明地大物博，富有四海，国土这么大，哪个处所哪年还不出点事？戋戋一点水灾又算得甚么？哪天老天爷下点雨不就完了吗？”
“皇上贤明，想那八百里秦川沃野只需一个歉收，便可得赋税无数，这个主张真是贤明非常啊。”
辩驳毕自严，那还得是重量级人物出马，当然这个时候众位大臣首推钱谦益，钱谦益也不含混，站出来立马辩驳道：“毕大人此言差矣，所谓种田交粮，乃天经地义的事，现在国事维艰，理应守望互助，有钱出钱，有力着力，怎能为本身的私利而不顾大义呢？”
因而汪有典说道：“皇上，此事恐怕有点不当啊！”
崇祯这话一说出口，只要不是傻子，都能感遭到崇祯的态度已经非常的冰冷，乃至已经有些发怒了。
无法，毕自严开端一系列的鼎新，如查抄军饷虚冒，清查天下各处隐田等，恰是在毕自严呕心沥血下，大明财务才堪堪保持，并且呈现复苏之迹象。
“对对对，陕西具有种田达二十六万顷之多，戋戋六十万两白银分摊下去，一亩地不过毫厘罢了，实可谓不敷挂齿。”
崇祯帝下台后，一举肃除魏忠贤一党，而后再次启用毕自严为户部尚书，毕自严到任后巡查国库，发明国库己被魏忠贤华侈一空，并且每年朝廷有高达一百三十余万两白银的赤字，财务几近崩溃。
这话一出口，现场为之一静，大师都忍不住看看这到底是谁敢如许说话？没看到皇上正在兴头上吗？方才皇上还依了我们的要求，所谓投桃报李，这又怎能禁止？
转头一看，竟是礼科给事中汪有典，大师这时也不由得松了一口气，幸亏官不大，如果又是哪位朝堂重臣，那还得又费一番口舌。
汪有典这时也能较着的感遭到崇祯的态度，但是话已经说出口，收也收不返来，因而只能强撑的说道：“皇上，陕西虽有八百里秦川沃野，但是这几年陕西已经多年大旱，并且年景一年不如一年，地里的收成，实在没法支撑如此多的赋税啊！”
一时之间，朝堂上的官员都齐齐指责汪有典过分无私，并且不懂政务，汪有典本就被崇祯的态度吓得心虚，这下又被众大臣指责，也没个为本身说话的，真恨不得找个地缝钻出来。
天启元年，努尔哈赤带领后金军攻打辽阳，毕自严临危受命，担负天津巡府，清算海防，天津乃是熊廷弼“三方安插”之策中首要的一环，毕自严在天津与登莱巡府袁可立互为犄角，使辽东火线无忧，并成为保卫都城的有力樊篱。
不得不说毕自严是明朝前期非常杰出的理财专家，如若不是毕自严的经心打理，崇祯朝早已财务崩溃。