但是洪拱柱的让步并没有获得好的成果，因为没法满足欲壑难填的部下，十仲春二十八日当晚，蔡部数个营头肇事很快便生长为全军叛变。出面弹压的蔡元书及右福宁师都统制谷永芬等人被叛军杀死，幸运逃生的左福宁师都统制周正和带伤逃往延平。
武定帝既然继位，天然要大肆封赏一遍，世子朱慈烯晋位太子、其他二子别离为王，至于其他宗室也别离由升格不提，别的按照郑克臧的保荐，武定帝还第一时候任命了四名内阁大学士、六部尚书、侍郎、都察院摆布都御史。[]
面对这四名重臣的围攻，郑克臧不由头大如斗，只得一股脑的将统统题目都推给了多数督府参军司。参军司连夜合议作出了充公李光地之流铁杆汉奸的家财田土并将福州四周旗丁圈走的地盘无偿分派给当兵百姓家庭的决定，同时为了制止方才晋封伯爵的蔡元书、王新化两人产生猜忌和曲解，武定朝中心当局临时不向两人占有的闽北、闽西各府县派出守令且原则上同意两人提出的保荐名单。
此时方才率部进入延平休整的洪拱柱获得周正和的飞报，不由大惊失容，随即顾不得新年期近，点起一师兵马缓慢北上，趁狂欢中的叛军不备突入建宁府城，一举安定了乱军。但是经此一变，建宁十室九空，已经不适合再充当抵抗清军打击的堡垒。不得已，在斩杀了统统的叛军以后，洪拱柱只能在武定元年的正月月朔带着所部重新退往南平。
此中，浙江督师洪磊出任内阁元辅，是为文华殿大学士、太子少师、新昌伯；福建督师杨英为内阁次辅，是为武英殿大学士、太子少傅、明溪伯；原明郑政事堂左参政柯平为文渊阁大学士、太子少保；原政事堂右参政郑英平为东阁大学士、太子少保。
又以广东督师郑斌出任吏部尚书、浙东巡抚陈绳武出任礼部尚书、政事堂左参议林良瑞兼任户部尚书、政事堂右参议蔡济兼任工部尚书、差人司司官闫刚为刑部左侍郎掌部事、刑狱司官郭楷为刑部右侍郎参赞部事、军务司司官林珩以兵部左侍郎掌部事、军火司司官蔡谦为兵部右侍郎、闽东巡抚吴潜为都察院左都御史、察言司司官蔡汉襄兼任右都御史。
对于参军司以内阁名义作出的决定，郑克臧并无贰言，只是提出“本人或祖辈曾经出任过伪职及投考过伪朝科举的只要能举城或率部来投且情愿接管明郑方面同一调剂”可试作改过改过不再按汉奸论处定罪。
不过阁臣也好、尚书也罢都只是空壳安排，实际上把握武定朝实权的还是本来明郑藩下政事堂及各司司官。当然为了适应情势的生长需求，政事堂改名为多数督府参军司，原政事堂摆布参政改成多数督府参议、原摆布参议改成多数督府咨议参军。至于各司则改名为多数督府某经历司，比方差人司就改名为多数督府差人经历司。
参军院此时也跟着改名为多数督府参谋厅，林升的总章参军事改成总参谋事，同时与洪拱柱、毛洪言、吴淑三人升任为多数督府佥事，孙有劳和林贤两人的摆布同佥参军事也改称摆布副总参谋事，参军都承制改成一等参谋、参军承制改成二等参谋、参军事改成三等参谋、行参军事改成四等参谋。由此推而及之，各师、团、哨的总参军、参军长、参军职也别离改成总参谋、参谋长、参谋。
十仲春二十四日，在周宁、政和等地休整月余的蔡元书部因为补给的题目展转进入建宁府。涌入的友军当然使得洪拱柱手中的兵力大增，抵当浙西来犯的清军的掌控也大大加强，但是蔡元书部的到来也使得闽西北本来就孱羸的粮食供应体系更加吃紧，再加上两部之间并无直接的统辖干系，在宿地和辎重分派上也多肮脏，不肯此时因为一丝不慎而导致全局变动的洪拱柱便率部退出建宁府城。