坐上大将军之位的足利义昭觉得自此今后本身就能号令天下，但是很快他发明，事情的生长并没有设想中那么顺利。他的行动到处遭到织田信长的束缚，没法利用将军的权力，本身的处境与傀儡无异。为了早日摆脱这一景况，足利义昭大要对织田信长言听计从，公开里却以大将军的身份奥妙联络了武田信玄、浅井长政、朝仓孝景等反织田信长权势，筹办合力颠覆织田信长，这就是所谓的“织田包抄网”。但“织田包抄网”很快被织田信长崩溃，势单力薄的足利义昭没法抵挡织田信长的守势，虽有正亲町天皇居中补救，但是足利义昭和织田信长的分裂就此必定。
1587年，在外流落流落多年的足利义昭受丰臣秀吉恩赐获得了安居之所，但是一年后的春季，这位名存实亡的幕府将军再次削发。1597年8月28日，足利义昭病死于大阪，享年61岁。
1573年，在织田信长的逼迫下，足利义昭将2岁的儿子送往织田信好处做人质，本身则被逐出京都，室町幕府宣布灭亡。固然幕府灭亡，本身四周流落，但足利义昭却不甘心就此认输。他向一些权势较小的处所大名收回要求，但愿能获得他们的援助，再次回到京都。但是这些大名并没有承诺他的要求，启事很简朴，如果接管了足利义昭的要求赐与援助，必将引来杀身之祸。足利义昭转而向别的大名提出颠覆织田信长的要求，均遭到了回绝。
无法之下，足利义秋找到织田信长，织田信长承诺帮足利义秋夺回征夷大将军之位。此时，足利义秋改名为足利义昭。
1582年6月2日，织田信长遭到家臣明智光秀的背叛，丧命于京都本能寺当中。得知织田信长的死讯后，足利义昭便将重回京都的但愿依托在了继织田信长而起的气力派大名身上，但是各大名在织田身后争权夺利，得空顾及足利义昭的要求，足利义昭的回归京都之梦仿佛又变得遥遥无期了。
在殛毙足利义辉后，松永久秀本想趁便将足利觉庆一起撤除，但因为兴福寺具有极其强大的僧侣武装，松永久秀的诡计没法得逞。固然足利觉庆保住了性命，但是他的一举一动遭到松永久秀的周到监督。1565年7月18日，忠于室町幕府的细川藤孝冒着灭族的伤害将足利觉庆从兴福寺救出，藏匿于南近江六角氏家臣甲贺和田惟政家中，足利觉庆此时出家改名为义秋。但是没等喘气多久，足利义秋跟着细川藤孝又开端了流亡糊口。其前后投奔过六角承祯、武田信丰和朝仓义景等有力大名，但愿重振幕府雄风，但是都遭到了这三家大名的回绝。
叛军头领松永久秀见此景象，急命由他亲身练习的洋枪队射杀足利义辉，这位身中数枪的幕府将军在奋力斩杀了数名敌军后，倒地而亡，时年30岁。足利义辉身后，松永久秀拥安身利义辉的堂弟足利义荣继任为室町幕府的第14代将军，但真正应当具有将军担当权的是正在兴福寺削发的足利义辉的亲弟足利觉庆。
足利义辉曾经向新阴流鼻祖上泉信纲和新当流开山祖师冢原卜传两大剑术大师学习过剑法，剑技高深，技艺高强，被世人誉为剑豪将军，部下侍卫个个勇猛善战，加上逢此存亡存亡之时，更是极力死战，以一当百，将来犯之敌一一斩杀，使敌军没法近身。
1568年，织田信长带领雄师，一起过关斩将，顺利攻入京都，松永久秀投降。进入京都后，织田信长做的第一件事就是拔除了由松永久秀所立的幕府将军足利义荣，并于10月18日拔擢足利义昭为室町幕府第15代征夷大将军。