厥后瞿式耜联络朱享嘉部下大将焦琏，与其联手将朱享嘉抓拿，为隆武政权的稳固立下了汗马功绩，被隆武帝晋升为兵部右侍郎，委广东重担。
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不久，福王朱由崧在南京建立弘光政权，瞿式耜被任命为广西巡府，刚走到半路，就传来南京已被攻破的动静，一时之间，天下民气浮动，瞿式耜为稳定民气，到任后便和百姓同吃同住，规劝百姓放心耕作，同时招募兵马，主动练习备战，如此，处所民气才逐步安宁。
这时，那些支撑减税的官员也是纷繁帮腔。
不得不说，作为士林魁首，钱谦益的辩才那也是大师级，毕自严也被他呛的一时无话。
再说此时的朝堂之上，钱谦益的历声喝问，因为多年来所遭到的尊师重道的教诲下，使得瞿式耜一时无言以对。
钱谦益说着，又向崇祯拱了拱手，说道：“新皇即位，恰是向天下百姓揭示刻薄仁德的时候，如果对江南视若无睹，岂不是让百姓绝望！你口口声声说是为朝廷，为赋税，孰不知这人间除了金银，另有民气！贤人云，水能载舟，亦能覆舟，你教唆皇上不要天下民气，这是何用心！”
钱谦益不由得横了毕自严一眼，而后说道：“我乃士林魁首，怎会以势压人？本日朝堂所言，不过就事论事，辽东战事打了也不是三年五年，若按毕大人的说法，那天下老百姓都不要活了。处所呈现灾患，减免赋税施助哀鸿本是常理，如何到你这里就成了祸国殃民的了呢？”
“钱大人所言极是，如何定夺，贤人早有定语，我等只需按贤人所言便可，又何需再去争辩！如按毕大人所言，难道贤人都说错了不成？我等自幼便苦读诗书，受贤人教诲，莫非还能比贤人更贤明不成？”
只听毕自严对崇祯跪下说道：“还请皇上圣裁。”
无法清军势大，第二年隆武帝被杀，隆武政权随之毁灭，瞿式耜便在广东拥立桂王朱由瑯即位，是为永历帝，永历晋升他为吏部右侍郎，东阁大学士。随后几年，瞿式耜主动帮手永历帝打理朝政，稳定民气，时候不忘光复国土，规复大明江山。并曾数次打败清军大肆的打击，无法永历帝实在不争气，再加上国事衰颓之时，永历朝文武大员竟还党争不竭，自消气力，而满清气力却一日千里，乃至最后桂林被孔有德围困。
不幸瞿式耜一身的才学，在崇祯朝十七年竟不得重用，瞿式耜，字起田，生于万历十八年，姑苏常熟人，自小便满腹才学，乃是远近闻名的神童，后拜钱谦益为师，二十七岁高中进士，而后出任江西吉安府永丰县知县，在任时，走村串巷，巡查处所恶霸，将永丰县管理的井井有条，
这时见瞿式耜如许反对本身，又怎能不气！明天如果减免赋税那倒还好，如果不减免，让本身这张脸往哪放？还不被同僚笑话死！
瞿式耜心中不平，无法恩师当头喝问，身为门生，又怎能顶撞？
一时之间，支撑减免江南赋税的呼声，在朝堂之上已成赛过性上风，毕自严瞿式耜虽苦苦辩论，无法人少势弱，最后只能将最后的但愿投向崇祯天子。
弘光政权毁灭后，唐王朱聿键在福州建立隆武政权，但是身在桂林的靖江王朱享嘉却不承认，也建立政权，自主监国，后派人拉拢瞿式耜，被瞿式耜严词回绝，喝道：“现在隆武帝大位己定，自当同心共力光复大明江山，怎可兄弟手足相残，做那亲者痛，仇者快之事！”
厥后桂林城破，孔有德敬慕他的才华和威名，因而许下高官厚禄，但愿他能够投降，却被他毫不客气的臭骂一顿。最后瞿式耜慷慨赴死前，留下绝命诗一首：安闲待死与城亡，千古忠臣自主张，三百年来恩泽久，头丝犹带满天香。