写完后，向南面跪地，行五拜三叩之礼（此乃辞帝之礼），而后被孔有德所杀。可叹！可悲！一代人杰，竟落得如此了局！
无法清军势大，第二年隆武帝被杀，隆武政权随之毁灭，瞿式耜便在广东拥立桂王朱由瑯即位，是为永历帝，永历晋升他为吏部右侍郎，东阁大学士。随后几年，瞿式耜主动帮手永历帝打理朝政，稳定民气，时候不忘光复国土，规复大明江山。并曾数次打败清军大肆的打击，无法永历帝实在不争气，再加上国事衰颓之时，永历朝文武大员竟还党争不竭，自消气力，而满清气力却一日千里，乃至最后桂林被孔有德围困。
厥后桂林城破，孔有德敬慕他的才华和威名，因而许下高官厚禄，但愿他能够投降，却被他毫不客气的臭骂一顿。最后瞿式耜慷慨赴死前，留下绝命诗一首：安闲待死与城亡，千古忠臣自主张，三百年来恩泽久，头丝犹带满天香。
钱谦益这时几近是要被气得吐血，为甚么？因为瞿式耜是钱谦益的门生！这时瞿式耜公开反对减免江南税收，无疑是打他的脸，前人讲的是一日为师，毕生为父，尊师重道已经渗入到骨子里。
弘光政权毁灭后，唐王朱聿键在福州建立隆武政权，但是身在桂林的靖江王朱享嘉却不承认，也建立政权，自主监国，后派人拉拢瞿式耜，被瞿式耜严词回绝，喝道：“现在隆武帝大位己定，自当同心共力光复大明江山，怎可兄弟手足相残，做那亲者痛，仇者快之事！”
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“钱大人所言极是，如何定夺，贤人早有定语，我等只需按贤人所言便可，又何需再去争辩！如按毕大人所言，难道贤人都说错了不成？我等自幼便苦读诗书，受贤人教诲，莫非还能比贤人更贤明不成？”
钱谦益说着，又向崇祯拱了拱手，说道：“新皇即位，恰是向天下百姓揭示刻薄仁德的时候，如果对江南视若无睹，岂不是让百姓绝望！你口口声声说是为朝廷，为赋税，孰不知这人间除了金银，另有民气！贤人云，水能载舟，亦能覆舟，你教唆皇上不要天下民气，这是何用心！”